Spektra z infračerveného mikroskopu poskytují stejné informace jako spektra infračervená. Mikroskop umožňuje zaměřit i malý (mikroskopický) objekt a provést jeho povrchovou analýzu. Zjištěná informace je pouze kvalitativní (jaké sloučeniny se v analyzovaném objektu nacházejí). Metoda umožňuje pouze analýzu vzorků v tuhém skupenství. U některých typů vzorků jsem schopni provádět mapování povrchů vzorků za účelem zjištění rozmístění látek na vybrané ploše vzorku. Pro analýzu potřebujeme cca 0,5 g vzorku nebo vzorek o rozměrech min. 0,5 x 0,5 cm.